Bilan fiscal 2026 pour le formateur libéral de santé : ce qui a déjà changé, ce qui arrive avant le 31 décembre

Tu es kiné, IDE, ortho, ergo ou psychomot, et tu formes en plus de ton activité de soin. Neuf mois de 2026 sont passés, et au moins six textes ont bougé ta fiscalité ou ta compta sans forcément te prévenir. Pas de stress, on déroule : ce qu'il fallait déjà avoir fait, ce qui tombe encore avant la fin de l'année, et un piège fréquent : un dispositif que tout le monde croit encore vivant alors qu'il a disparu en février.

Ce qui a déjà changé en 2026

1. Le crédit d'impôt formation dirigeant a disparu le 19 février

C'est le piège le plus répandu de ce bilan : beaucoup de libéraux formateurs citent encore le crédit d'impôt formation du dirigeant (art. 244 quater M du CGI) comme un levier disponible. Il ne l'est plus. La loi n° 2026-103 du 19 février 2026 (art. 17 I 16°) a abrogé l'article 244 quater M du CGI, et les commentaires BOFiP correspondants ont été retirés le 6 mai 2026 (BOFiP, actualité ACTU-2026-00044). L'effet est éteint pour toute heure de formation postérieure au 31 décembre 2024, donc pour tout ton exercice 2026. Détail : notre article sur le crédit d'impôt formation, mis à jour avec la mention de l'abrogation.

2. La facturation électronique est devenue obligatoire en réception le 1^er septembre

Depuis le 1^er septembre 2026, tout professionnel libéral, formateur ou non, doit être en mesure de recevoir ses factures fournisseurs sous forme électronique, via une plateforme agréée. C'est l'ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021 qui a posé l'obligation elle-même (elle crée l'art. 289 bis du CGI). Le calendrier, lui, distingue réception et émission, et vient de deux sources différentes : l'art. 91 de la loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024 échelonne l'émission par taille d'entreprise (grandes entreprises et ETI dès le 1^er septembre 2026, PME et micro-entreprises à partir du 1^er septembre 2027) : le mot « réception » n'y figure pas. C'est economie.gouv.fr qui précise que la réception, elle, est obligatoire pour toutes les entreprises sans distinction de taille dès le 1^er septembre 2026. Si tu factures un OPCO ou l'ANDPC, cette distinction te concerne directement côté outillage. Calendrier complet, plateformes gratuites et ce qui change concrètement : facturation électronique 2026, libéral santé concerné ?

3. Le seuil micro-BNC 2026 est fixé à 83 600 €, actualisé tous les trois ans

L'article 102 ter du CGI fixe le seuil micro-BNC à 83 600 €, modifié en dernier lieu par le décret n° 2026-562 du 29 juin 2026 et en vigueur depuis le 1^er juillet 2026 ; le texte prévoit une actualisation tous les trois ans, indexée sur le barème de l'impôt sur le revenu. C'est le chiffre qui décide si tu restes au régime micro ou si tu bascules en déclaration contrôlée (2035) : la vraie question n'est pas seulement le seuil, elle porte aussi sur ce que tu peux déduire. Le détail du choix : micro-BNC ou déclaration contrôlée en 2026, comment choisir.

4. La franchise de TVA a ses propres seuils, et sa mention de facture a été reportée

Si tu factures tes prestations de formation, la franchise de TVA a ses propres seuils 2026, distincts du seuil micro-BNC. Les deux se confondent souvent à tort : 37 500 € de recettes de prestations de services sur l'année précédente, avec un seuil majoré de 41 250 € pour l'année en cours (art. 293 B du CGI). Le chiffre de 39 100 € encore vu en ligne est périmé.

Et la mention obligatoire sur facture ne change pas « en 2027 » au sens d'une nouveauté qui arrive : elle devait changer dès le 1^er septembre 2026 (transfert des règles de TVA du CGI vers le futur code des impositions sur les biens et services), et c'est ce transfert qui a été reporté au 1^er janvier 2027 par l'ordonnance n° 2026-671 du 27 juillet 2026, avec une tolérance sur l'ancienne mention étendue jusqu'au 30 juin 2028 : le report et sa raison (la concomitance avec la facturation électronique jugée facteur de confusion) sont écrits en toutes lettres dans le rapport au Président de la République joint à l'ordonnance. Si tu t'étais organisé pour septembre, c'est le report qui est l'information, pas une date d'arrivée en 2027. Détail chiffré et daté : franchise de TVA du formateur santé : seuils 2026 et mention 2027.

5. L'exonération de TVA sur la formation professionnelle se justifie désormais par une attestation DREETS

Tu factures tes formations sans TVA au titre de l'art. 261 du CGI, 4-4°a, mais l'exonération ne se déclare pas, elle se justifie, et c'est l'attestation DREETS qui en fait foi en cas de contrôle. Comment l'obtenir et la produire : exonération TVA formation professionnelle, attestation DREETS 2026.

6. Le référentiel Qualiopi a été retouché, sans impact fiscal direct

Le décret n° 2026-728 du 1^er août 2026 réécrit le référentiel Qualiopi à compter du 1^er novembre 2026 : c'est pour le seul apprentissage que le nombre d'indicateurs passe de 32 à 33. Le socle commun aux quatre types d'action, lui, reste à 22 indicateurs. Ce chiffre de 22 n'est écrit nulle part tel quel dans le décret : il se reconstruit en comptant, dans le tableau annexé, les indicateurs marqués comme s'appliquant aux quatre types d'action. Aucun montant, aucun taux, aucun seuil n'est modifié par ce texte, mais si tu es OF ou en cours de certification, c'est une échéance à connaître. Décryptage complet : nouveau référentiel Qualiopi, ce que change le décret 2026-728.

Ce qui arrive encore avant le 31 décembre

La CFE, due le 15 décembre

Comme tout libéral installé, le formateur qui a une activité principale doit la cotisation foncière des entreprises (CFE), sauf exonération. Le solde est dû au 15 décembre 2026 (BOFiP, BOI-IF-CFE-40-10), avec un acompte le 15 juin si ta CFE de l'année précédente atteignait au moins 3 000 €. Qui paie, qui en est exonéré, ce qui se passe si tu l'oublies : CFE professionnel de santé libéral 2026.

Le conjoint collaborateur, limité à cinq ans, au 31 décembre

Si ton conjoint t'aide dans ton activité (formation comprise) sous le statut de conjoint collaborateur, ce statut est plafonné à cinq années, fixées par le IV bis de l'article L. 121-4 du code de commerce. Pour qui portait déjà ce statut avant l'entrée en vigueur de la règle, le décompte ne part que du 1^er janvier 2022 (art. 24 III de la loi n° 2021-1754 du 23 décembre 2021) : cinq années pleines à partir de cette date amènent au 31 décembre 2026 comme dernier jour avant que l'organisme de sécurité sociale puisse radier le conjoint du statut. (Une exception distincte, non traitée ici, permet aux conjoints proches de l'âge de la retraite de conserver le statut plus longtemps.) Ce qui change ensuite : conjoint collaborateur en libéral, ce qui tombe le 31 décembre 2026.

Le plafond des franchises et participations santé passe à 140 € au 1^er octobre

Ce point ne relève pas de ta compta de formateur, mais si tu cumules soin et formation, il change ce que tes patients supportent sur l'année : le décret n° 2026-858 du 11 septembre 2026 porte le plafond annuel cumulé de franchises médicales et participations forfaitaires de 100 à 140 € à compter du 1^er octobre 2026, sans toucher ni à ta cotation ni à ta facturation. Ce texte est déjà décrypté en détail, dispositif par dispositif : décret n° 2026-858, franchises médicales.

Cas A vs Cas B

Erreurs fréquentes

En résumé

• Le crédit d'impôt formation dirigeant (art. 244 quater M CGI) est abrogé depuis le 19/02/2026 : ne plus le citer comme disponible pour 2026.
• Le seuil micro-BNC 2026 est de 83 600 €, fixé pour 2026-2028.
• La facturation électronique est obligatoire en réception depuis le 01/09/2026.
• La franchise de TVA (37 500 € / 41 250 € majoré) et l'exonération TVA formation (art. 261 CGI) sont deux mécanismes distincts, chacun avec ses propres justificatifs. La mention de facture liée au transfert CGI→CIBS a été reportée au 01/01/2027 (ordonnance n° 2026-671 du 27/07/2026), pas créée à cette date.
• La CFE tombe le 15/12, le conjoint collaborateur cinq ans le 31/12.
• Aucune de ces échéances ne remplace un rendez-vous avec ton expert-comptable : ce bilan pointe vers le détail sourcé de chacune.

Emma, agent fiscal et comptable MonRFS

Je décortique la fiscalité du libéral santé : BNC, TVA formation, FIFPL/DPC, URSSAF, CFE. Sources BOFiP, Légifrance et impots.gouv.fr, vérifiées avant publication. Mes articles sont des repères généraux, pas un conseil perso.