Facturation électronique 2026 : libéral santé concerné ?
Mis à jour le 06/07/2026 · valable pour l'année fiscale 2026.
Tu es médecin, kiné, IDE, ergo, sage-femme, ostéopathe, psychomotricien, orthophoniste, bref libéral santé. Tu as croisé l'info dans ton espace pro impots.gouv.fr : « obligation facturation électronique au 1er septembre 2026 ». Première réaction normale : « encore une réforme, et je suis vraiment concerné moi qui facture des patients ? ». Pas de stress, on déroule.
Le contexte rapide : pourquoi cette réforme ?
La réforme est cadrée par l'ordonnance n°2021-1190 du 15 septembre 2021 et le décret n°2022-1299, puis recalée par la loi de finances 2024 (article 91), qui a reporté l'entrée en vigueur d'abord prévue en juillet 2024. Objectif de l'État : lutter contre la fraude à la TVA et automatiser la remontée des données économiques. Tu n'as pas à le valider, juste à t'y préparer.
Le calendrier facturation électronique 2026-2027
| Date | Obligation | Qui est concerné |
|---|---|---|
| 1er septembre 2026 | Recevoir des factures électroniques | Toutes les entreprises assujetties à la TVA, y compris les libéraux santé exonérés art. 261. |
| 1er septembre 2026 | Émettre des factures électroniques | Grandes entreprises et ETI uniquement. Ces catégories combinent des seuils cumulatifs (effectif et critère financier, CA ou total de bilan) au sens du décret n°2008-1354 : GE ≥ 5 000 salariés, ou CA > 1,5 Md€ et bilan > 2 Md€ ; ETI ≥ 250 salariés. Aucun libéral santé n'entre dans ces seuils. |
| 1er septembre 2027 | Émettre des factures électroniques + e-reporting | PME, TPE, micro-entreprises (la quasi-totalité des libéraux santé). |
Piège de vocabulaire. Les « micro-entreprise » et « PME » du calendrier d'émission sont les catégories de taille INSEE (décret n°2008-1354), micro INSEE = moins de 10 personnes et CA (ou bilan) ≤ 2 M€, rien à voir avec le régime fiscal micro-BNC. Un libéral santé, même au réel, reste « micro » ou « PME » INSEE → émission au 1er septembre 2027, pas 2026.
Source officielle : impots.gouv.fr, à partir de quand suis-je concerné.
Êtes-vous concerné ? Le tableau par profil
Deux repères : la réception (01/09/2026) vise tous les assujettis à la TVA établis en France, franchise en base et activités exonérées comprises, un professionnel de santé est un assujetti non redevable (pas de TVA sur ses soins, mais assujetti quand même). L'émission suit le calendrier par taille INSEE : GE + ETI en 2026, PME/TPE/micro (donc la quasi-totalité des libéraux santé) en 2027. Source : impots.gouv.fr : je facture sans TVA.
| Ton profil / statut | Réception | Émission | e-reporting |
|---|---|---|---|
| Individuel BNC, 100 % soins (micro-BNC ou réel/déclaration contrôlée) | Oui, 01/09/2026 | Non, les soins au patient sont du B2C exonéré (art. 261-4-1° CGI), hors champ de l'e-invoicing | Non, opérations exonérées art. 261 exclues de l'e-reporting |
| Individuel BNC, activité MIXTE (soins exonérés + activité taxable : formation, ostéo bien-être, expertise, ventes de produits, locations) | Oui, 01/09/2026 | Oui pour la part B2B taxable, 01/09/2027 (PME/micro INSEE), ex. facturer un OPCO, l'ANDPC, un OF, un cabinet | Oui pour les opérations taxables B2C / à l'étranger éventuelles ; les soins exonérés restent exclus |
| Franchise en base de TVA (micro-BNC sous seuil) | Oui, 01/09/2026 | Selon activité : la franchise n'exonère pas de l'obligation de format. Émission B2B au 01/09/2027 si tu factures des entreprises | Selon activité (soins exonérés = exclus) |
| Société d'exercice : SEL, SCP | Oui, 01/09/2026 | Selon taille INSEE (2027 dans l'immense majorité) et selon la nature des flux (B2B taxable) | Selon activité |
| SCM (société civile de moyens) | Oui, 01/09/2026 | La SCM refacture des charges à ses associés = flux B2B → a priori concernée par l'émission (échéance selon taille INSEE, 2027 en général). Mais ces refacturations de groupements de moyens peuvent être exonérées de TVA au titre de l'art. 261 B du CGI sous conditions, auquel cas elles sortent du champ e-invoicing comme les autres opérations exonérées. À cadrer avec l'EC. | À cadrer avec l'EC |
Cas concret. Kiné : 95 % patients (soin exonéré art. 261-4-1° CGI → pas d'émission ni d'e-reporting) + 5 % formation DPC pour 2 OPCO (B2B taxable → facture électronique au 1er sept 2027). Bilan : réception à préparer pour septembre 2026, petite obligation d'émission pour septembre 2027 à cause de la seule poignée de factures formation.
Et les remboursements CPAM / mutuelles ? Pas de sur-interprétation : un remboursement reste rattaché à ton soin exonéré (tu ne vends rien de taxable à l'Assurance maladie) et transite par SESAM-Vitale / NOEMIE, distincts de la réforme, pas de bascule automatique vers l'e-invoicing. Les modalités techniques seront précisées par l'Assurance maladie et les éditeurs santé, à surveiller sans obligation nouvelle à ce stade.
Seule exception côté soin : une activité non thérapeutique taxable (esthétique, expertise judiciaire) entre, elle, dans le champ, cas marginal à clarifier avec ton EC.
Remplacement ou collaboration : le cas que tout le monde rate
Une rétrocession d'honoraires à ton remplaçant n'oblige à rien. Une redevance de collaboration, si. Deux situations qui se ressemblent, deux règles opposées.
Le point de départ : l'article 261, 4, 1° du code général des impôts exonère les prestations de soins à la personne effectuées dans le cadre d'une profession médicale ou paramédicale réglementée. Selon la DGFiP, « ces opérations n'entrent donc pas dans le périmètre de la réforme ». Mais tout ce que tu factures n'est pas un soin, et c'est là que ça se joue.
| Ta situation | Nature du flux | Facture électronique ? |
|---|---|---|
| Remplacement Tu verses une rétrocession d'honoraires à ton remplaçant |
La facture reste liée à des actes de soins | Non, pas d'obligation d'émettre |
| Collaboration Ton collaborateur te verse une redevance mensuelle |
La redevance a la nature d'un loyer : elle contribue aux charges du cabinet. Opération entre deux assujettis | Oui, obligatoire pour la redevance |
Concrètement : un titulaire qui n'a que des soins et un remplaçant n'a rien à émettre. Le même titulaire, avec un collaborateur qui lui verse une redevance, doit émettre une facture électronique pour cette redevance. Ce n'est pas le montant qui décide, c'est la nature juridique du versement : relis ton contrat.
Source : FAQ DGFiP « J'approfondis la facturation électronique », question 2.10, version du 15/06/2026, renvoyant au BOFiP BOI-RES-000056. Vérifié le 08/08/2026.
Ce qu'il ne faut surtout pas faire
Trois erreurs, avec ce qu'elles coûtent et le geste qui les évite.
1. Attendre le 1er septembre pour choisir une plateforme de réception
Ce que ça coûte : une amende de 500 €, trois mois après une mise en demeure de l'administration. Elle passe à 1 000 € après chaque nouvelle période de trois mois si rien ne bouge. FAQ DGFiP, question 2.5, version du 15/06/2026.
Le bon geste : choisis ta plateforme agréée maintenant. Aucun fournisseur ne peut t'imposer la sienne, ni un format d'échange.
2. Traiter une redevance de collaboration comme une rétrocession
Ce que ça coûte : une amende forfaitaire de 15 € par facture, plafonnée à 15 000 € par année civile, quand une facture qui devait être électronique ne l'est pas. La toute première infraction n'est pas sanctionnée. FAQ DGFiP, question 2.4.
Le bon geste : relis ton contrat. Si le versement est calculé comme une participation aux charges du cabinet, c'est une redevance, et elle se facture électroniquement.
3. En conclure que tu n'es concerné par rien
Ce que ça coûte : la même amende de 500 € que ci-dessus. Les soins sont hors périmètre, mais l'obligation de recevoir vise les entreprises assujetties à la TVA, ce que reste un professionnel de santé exonéré.
Le bon geste : traite la réception et l'émission comme deux sujets distincts. La première arrive un an avant la seconde.
L'outil : quatre questions pour savoir où tu tombes — le récapitulatif imprimable, avec la source officielle de chaque réponse.
Plateforme agréée : comment choisir la tienne
La liste officielle recense 136 plateformes au 31 décembre 2025 (108 définitives + 28 sous réserve). Souvent, ton logiciel de facturation ou ton EC en SaaS est lui-même devenu plateforme agréée, vérifie-le en premier, c'est le scénario le plus fluide. Les factures respecteront un format structuré : UBL, CII ou mixte type Factur-X, selon impots.gouv.fr.
Les 4 critères pour un libéral santé
- Coût annuel, tarification variable, pas de grille publique officielle ; demande 2-3 devis et compare.
- Intégration avec ton logiciel de compta existant (Indy, Tiime, Ciel, EBP, Quickbooks…), s'il est déjà agréé, tu n'as rien de plus à acheter.
- Fonctionnalités utiles, émission B2B formation, archivage à valeur probante, export comptable pour ton EC. Pour du soin pur (B2C exonéré), tes besoins se limitent à la réception.
- Support FR + compatibilité flux santé (SESAM-Vitale / NOEMIE) si tu veux centraliser tes flux, vérifie ce point avec l'éditeur.
Source : dépliant DGFiP août 2025 ; impots.gouv.fr, plateformes agréées.
Checklist préparation pour anticiper sereinement
Vérifier ton statut d'assujetti : tout libéral santé est assujetti à la TVA (même non redevable) → concerné, point.
Identifier tes flux : quelle part en patients (B2C hors champ), tiers payeurs (CPAM/mutuelles via SESAM-Vitale) et formation B2B (OPCO / ANDPC / OF) ? C'est la part formation qui déclenche l'émission.
Nuance décisive si ta formation est exonérée de TVA. La formation professionnelle continue peut être exonérée au titre de l'article 261, 4, 4° a du CGI lorsque l'organisme détient son attestation. Dans ce cas, ces opérations sont hors du champ de la facturation électronique en émission, exactement comme les soins. L'administration l'écrit noir sur blanc : si vous réalisez des opérations exonérées au titre des articles 261 à 261 E, « vous n'êtes pas concernés en émission par la facturation électronique ou la transmission électronique d'informations à l'administration » (impots.gouv.fr, vérifié le 10/08/2026). Ce qui reste dû, et c'est daté : en tant qu'acheteur professionnel, tu dois pouvoir recevoir une facture électronique au 1er septembre 2026, donc choisir une plateforme. En clair : formation taxable → émission au 01/09/2027 ; formation exonérée → réception seulement. Vérifie ton régime avant d'acheter un outil d'émission dont tu n'as peut-être pas besoin.
Choisir ta plateforme agréée : plus d'option publique gratuite depuis octobre 2024. Vérifie d'abord si ton logiciel de compta ou ton EC en SaaS est déjà agréé ; sinon compare 2-3 plateformes sur la liste DGFiP.
T'inscrire à l'annuaire sur impots.gouv.fr (déploiement 2026) : sans SIREN + adresse de réception enregistrés, tes fournisseurs ne peuvent pas t'adresser leurs factures.
Échanger avec ton expert-comptable IRL : c'est lui qui paramètre tes flux. Un EC en SaaS a souvent déjà branché une plateforme agréée.
Séquencer : réception = septembre 2026 (étape 1) ; émission PME/micro = septembre 2027 (étape 2).
Conserver tes factures : 6 ans au titre fiscal (art. L102 B du LPF) mais 10 ans au titre du Code de commerce (art. L123-22) → retiens la durée la plus longue, 10 ans.
Questions fréquentes
Je suis en micro-BNC franchise TVA, est-ce que je suis exempté ?
Non. La franchise en base (CA < 37 500 € en prestations de services) ne t'exonère pas : tu es assujetti non redevable, donc concerné par la réception (1er sept 2026) et l'émission B2B (1er sept 2027). C'est une obligation de format, pas de TVA.
Que se passe-t-il si je ne suis pas prêt au 1er septembre 2026 ?
Tu rentres dans une situation de non-conformité. Les sanctions précises (amendes par facture non conforme) seront fixées par décret d'application. Tu risques surtout des rejets de factures fournisseurs qui ne sauront plus où te les envoyer, donc des retards de paiement, des relances, des litiges. Mieux vaut prévenir.
J'ai un cabinet avec plusieurs collaborateurs libéraux, comment ça marche ?
Chacun a son propre SIREN, donc chacun choisit sa plateforme agréée. Beaucoup de cabinets pluripro en mutualisent une pour simplifier la gestion, à discuter en interne et avec ton EC.
Pour aller plus loin
- Calendrier officiel, service-public.gouv.fr (actualité A15683)
- Plateformes agréées (liste), impots.gouv.fr
- Tout savoir sur la réforme, economie.gouv.fr
- Numéro vert dédié : 0 806 807 807 (service gratuit + prix appel)
- Ordonnance n°2021-1190 du 15 septembre 2021, Légifrance
- Article 91 LF 2024 (report calendrier), Légifrance
Repère général, pas conseil personnalisé.
Cet article est une vulgarisation à jour au 06/07/2026. Pour ta situation perso (CA, statut, société SEL/SCM/SCP, activité mixte soins + taxable, conjoint collaborateur), un expert-comptable IRL reste indispensable, c'est lui qui paramètre tes flux et signe ta liasse. L'articulation précise des flux CPAM/mutuelles avec le format facturation électronique sera communiquée par l'Assurance Maladie et les éditeurs de logiciels santé courant 2026.
Tu structures une activité de formateur santé en plus de tes soins ?
Statut micro vs réel, NDA, Qualiopi, exonération TVA, flux B2B OPCO/ANDPC, et maintenant facturation électronique : on t'aide à cadrer le bon canal au bon moment, côté fiscal comme côté réglementaire.
Découvre l'accompagnement formateur MonRFS OF ou auto-entrepreneur ? Le comparatif fiscalRestez informé
Recevez les ressources MonRFS chaque semaine
Veille utile, fiscalité libérale et nouvelles ressources pour les professionnels de santé.